由邵氏基金（香港）有限公司捐贈的逸夫書院是本校第一間書院，為學生提供一個融合食丶住丶學為一體的家，讓來自四面八方的學生互相溝通丶共同探索丶一起成長。書院致力于建立一個開放的平臺，讓不同專業、年級、背景的同學聚首一堂透過參與及體驗式學習活動去實現書院『修德臻善』的全人教育理念。 逸夫書院設施在2016年9月正式使用，它包含東座和西座各三棟大樓組成的六棟學生宿舍，可容納約兩千多名學生。書院樓群還包含行政辦公室、健身房、自習室及康樂設施房間等。

為感謝正中公益慈善基金會對大學發展的支持，大學特于2016年成立第二所書院——學勤書院。學勤書院倡導潤物細無聲似的教養，通過提供眾多非形式的教育機會，引導學生從歸屬感、主人翁意識、創新及進取精神、多元化視角及社會責任感五個緯度開展豐富多彩的校內外全人教育活動，使學生在德、智、體、群、勞諸方面得到情志身心的全面發展。

思廷書院成立于2016年，以感謝鴻榮源集團及賴海民、陳思廷伉儷對大學的貢獻。書院立足全人教育，著力將學生培養成德才兼備、關懷社會的世界公民。

祥波書院是香港中文大學（深圳）的第四所書院，為紀念歲寶集團前董事局主席楊祥波先生對大學的貢獻，于二零一八年三月二十九日正式成立。祥波書院秉承“博學慎思 弘毅致遠”的院訓，致力于通過全人教育，將學生培養成為自信、自律，具有文化自覺和國際視野、社會責任感和人文關懷的個體。

道揚書院是香港中文大學（深圳）第五所書院，以香港中文大學創辦者之一，著名林學家、農學家、教育家凌道揚博士的嘉名命名。秉承“修己自強，利他先行”的院訓，并遵循全人教育的育人理念，道揚書院通過提供各種活動和社會實踐課程，提升學生領導力、溝通和表達能力以及人文和美學素養，使學生們在多元化的環境中學習和成長。

承蒙鶴璽實業的慷慨捐贈，大學于2022年成立第六所書院——厚含書院。厚含，寓意“忠厚、包容、仁義和寬厚”。厚含書院將秉承『仁厚包容 敬業創新』的理念，帶著捐贈方傳承非遺文化的熱忱和創業者的頑強開拓精神，引導學生持開放包容的態度不斷創新，通過各種體驗式活動和多元化學生發展計劃，培養學生成為仁厚大愛、有社會責任感、能應對瞬息萬變的社會及各種挑戰的時代青年。

永平書院是香港中文大學（深圳）的第七所書院，于2025年6月正式成立。自創立以來，書院始終將學生放在全部工作的核心，為學生提供實用而富有意義的活動，營造有愛且激勵創新的書院社區環境，助力學生完成研究事業和自我發現的蛻變，賦能每一位學生的成長之旅。

2025年，香港中文大學（深圳）第八書院正式啟用，毗鄰神仙湖水庫，即將在秋季迎來首批學子入住。這座由南區、北區兩棟嶄新學生宿舍組成的建筑群，不僅是學子們生活起居的溫馨家園，更是集學習、社交、成長于一體的綜合性育人社區。國際知名鋼琴家袁芳教授出任書院首任院長，憑借深厚的藝術教育背景與卓越的專業成就，袁芳教授將為書院注入獨特人文底蘊，豐富育人內涵，助力學子在多元融合的環境中，踐行全人教育理念。